Член Европейской ассоциации эндоскопических хирургов, Правления Асоциации хирургов Украини, редакционного совета научно-практического журнала «Хірургія України». С 2005 года – возглавляет Асоциацию хирургов Днепропетровской области.

Награждён грамотами Министерства здравоохранения Украины, Почётной грамотой Кабинета министров Украины.

Научно-практическое направление работы – хирургическое лечение больных с гастроэнтерологической патологией, внедрение методов эндоскопической хирургии, разработка методов и устройств для профилактики и лечения послеоперационных осложнений. Ежегодно выполняет до 250 – 300 хирургических операций различной степени сложности. Кроме научных исследований, связанных с хирургией, на протяжении 15 лет профессор Я.С.Березницкий уделяет значительное внимание разработке госпитальных информационных систем, предназначенных для решения вопросов, связанных с повышением качества лечебно-диагностического процесса.

На протяжении 23 лет работал в институте гастроэнтерологии, из которых 10 лет возглавлял отделение хирургии органов пищеварения. В настоящее время руководит кафедрой хирургии на базе городской больницы №6. Является членом двух специализированных советов по защите диссертационных работ.

Автор более 330 научных и научно-методических работ, из которых 13 монографий, справочников, учебников и научно-методических пособий. Под редакцией Я.С.Березницкого издан учебник «Хірургія» в 2 томах, содержание которого отвечает новым принципам организации учебного процесса на принципах управления его качеством. Под его руководством выполнено 3 докторских и 7 кандидатских диссертаций. Организует работу и контролирует качество оказания медицинской помощи в клинике «Гарвис».